其他工業酵素
食品用
- 果汁製造：纖維分解酵素、果膠酵素
- 肉品：蛋白質分解酵素（肉質軟化）
- 製造果糖糖漿：澱粉分解酵素、葡萄糖異構化酵素
- 製造起司：凝乳酶、酸性蛋白質分解酵素
- 健康食品：納豆激酶、蛋白質分解酵素（用於生產功能性胜肽產品）、多醣類分解酵素（用於生產寡醣）
工業用
- 清潔劑：脂肪分解酵素：分解油污、墨水
- 蛋白質分解酵素：分解汗斑、醬油、血漬
- 造紙：纖維分解酵素、木聚醣分解酵素、脂肪分解酵素（再生紙分解油墨、油污）
生質能源
- 生質柴油：油脂（大豆油、葵花油、棕梠油、海藻油) 脂肪分解酵素分解生成甘油+脂肪酸、生質柴油
- 生質酒精：澱粉（玉米、樹藷等）澱粉分解酵素生成糖類、酵母菌醱酵產生酒精
檢測科技之應用
善笙生物科技與國立清華大學、中央研究院合作利用HERPEPS純化系統生產檢測用重組蛋白質。蛋白質上的AFP吸附因子除純化外更可作為偵測標的，產品可開發成為醫療、食品、農業用定量檢測不同結合抗原 (細菌、蛋白、醣類) 之利器，運用範圍廣泛。
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